Anatoksynę, nazywaną również toksoidem, otrzymuje się z toksyny bakteryjnej, najczęściej egzotoksyny, przez jej inaktywację. Toksyczność znosi się chemicznie, zwykle za pomocą formaliny, albo termicznie, przez ogrzewanie. Zabieg odbiera cząsteczce zdolność wywoływania choroby, ale pozostawia nienaruszone struktury rozpoznawane przez układ odpornościowy.
Po podaniu anatoksyny organizm wytwarza przeciwciała i buduje pamięć immunologiczną skierowaną przeciw fragmentom toksyny, bez ryzyka zachorowania. Na tej zasadzie działają szczepionki przeciw błonicy i tężcowi. W odróżnieniu od biernego podania gotowej antytoksyny w postaci surowicy, które daje jedynie odporność bierną, anatoksyna buduje odporność czynną i rzadziej wywołuje odczyny niż obcogatunkowa surowica.
Na polskim rynku toksoidy występują przede wszystkim jako składnik szczepionek przeciw tężcowi i błonicy, także w preparatach skojarzonych.
